Balblair is opgericht in 1790 door John Ross. De distillery wordt achtereenvolgens gerund door de zoon en de kleinzoon van John Ross. In 1894 neemt Alexander Cowan, een wijnhandelaar uit Inverness, de distillery over.
In 1911 stopt de distillery met produceren vanwege de slechte economische omstandigheden. In 1936 verlaat de laatste whisky de warehouses. In 1939 kwartieren soldaten in, zij blijven tot het einde van WO2 in 1945. In 1949 wordt de productie van whisky hervat.
In 1964 wordt het aantal warehouses van de distillery verder uitgebreid. Ook komt er in dat jaar een steam boiler. In 1970 wordt Balblair gekocht door Hiram Walker (later Allied Distillers). In 1996 wordt Balblair gekocht door Inver House Distillers.